سرانجام روز سوم جمادی الثانی سال یازدهم هجری فرا رسید. فاطمه (علیها السلام) آب طلب نموده و بوسیله آن بدن مطهر خویش را شستشو داد و غسل نمود. سپس جامه‌ای نو پوشید و در بستر خوابید و پارچه‌ای سفید به روی خود کشید؛ چیزی نگذشت که دخت پیامبر، بر اثر حوادث ناشی از هجوم به خانه ایشان، دنیا را ترک نموده و به شهادت رسید؛ در حالیکه از عمر مبارکش بنا بر مشهور، 18 سال بیشتر نمی‌گذشت و بنا بر مشهور تنها 95 روز پس از رسول خدا در این دنیا زندگی نمود.

فاطمه (علیها السلام) در حالی از این دنیا سفر نمود که بنا بر گفته معتبرترین کتب در نزد اهل تسنن و همچنین برترین کتب شیعیان، از ابابکر و عمر خشمگین بود و در اواخر عمر هرگز با آنان سخن نگفت؛ و طبیعی است که دیگر حتی تأسف ابی‌بکر در هنگام مرگ از تعرض به خانه فاطمه (علیها السلام) سودی نخواهد بخشید.

تغسیل و تدفین

 مردم مدینه پس از آگاهی از شهادت فاطمه (علیها السلام)، در اطراف خانه آن بزرگوار جمع گشتند و منتظر تشییع و تدفین فاطمه (علیها السلام) بودند؛ اما اعلام شد که تدفین فاطمه (علیها السلام) به تأخیر افتاده است. لذا مردم پراکنده شدند. هنگامی که شب فرا رسید و چشمان مردم به خواب رفت، امام علی (علیه السلام) بنا بر وصیت فاطمه (علیها السلام) و بدور از حضور افراد، به غسل بدن مطهر و رنج دیده همسر خویش پرداخت و سپس او را کفن نمود. هنگامی که از غسل دادن او فارغ شد، به امام حسن و امام حسین (علیهما السلام) (در حالی که در زمان شهادت مادر هر دو کودک بودند.) امر فرمود: تا عده‌ای از صحابه راستین رسول خدا (صلی الله علیه و آله و سلم) را که البته مورد رضایت فاطمه (علیها السلام) بودند، خبر نمایند تا در مراسم تدفین آن بزرگوار شرکت کنند. (و اینان از 7 نفر تجاوز نمی‌کرده‌اند). پس از حضور آنان، امیر مؤمنان بر فاطمه (علیها السلام) نماز گزارد و سپس در میان حزن و اندوه کودکان خردسالش که مخفیانه در فراق مادر جوان خویش گریه می‌نمودند، به تدفین فاطمه (علیها السلام) پرداخت. هنگامی که تدفین فاطمه (علیها السلام) به پایان رسید، رو به سمت مزار رسول خدا (صلی الله علیه و آله و سلم) نمود و گفت:

"سلام بر تو ای رسول خدا، از جانب من و از دخترت؛ آن دختری که بر تو و در کنار تو آرمیده است و در زمانی اندک به تو ملحق شده. ای رسول خدا، صبر و شکیبایی‌ام از فراق حبیبه‌ات کم شده، خودداریم در فراق او از بین رفت... ما از خداییم و بسوی او باز می‌گردیم... به زودی دخترت، تو را خبر دهد که چه سان امتت فراهم گردیدند و بر او ستم ورزیدند. سرگذشت را از او بپرس و گزارش را از او بخواه که دیری نگذشته و یاد تو فراموش نگشته..."

امروزه پس از گذشت سالیان متمادی همچنان مزار سرور بانوان جهان مخفی است و کسی از محل آن آگاه نیست. مسلمانان و بخصوص شیعیان در انتظار ظهور امام مهدی (عجل الله تعالی فرجه الشریف) بزرگترین منجی الهی و یازدهمین فرزند از نسل فاطمه (علیها السلام) در میان ائمه می‌باشند تا او مزار مخفی شده مادر خویش را بر جهانیان آشکار سازد و به ظلم و بی عدالتی در سراسر گیتی، پایان دهد.